Gemäss einer Legende wurde das Kloster 1136 von Siginand, einem Propst der Abtei Moutier-Grandval gestiftet. Angeblich haben die Mönche aus Bellelay den Käse «Tête de Moine» (Mönchskopf) erfunden. Die Käseherstellung in der Abtei wird 1192 zum ersten Mal erwähnt. Als Zahlungsmittel der Abtei verbreitete er sich in der Region. Heute ist die Stiftung des Klosters Bellelay dafür besorgt, die historische Stätte und dessen Orgeln aufzuwerten.
Der Einbau eines Lifts in den Nordturm, der die verschiedenen Ebenen erschliesst, macht seit 2014 die Abteikirche auch Behinderten zugänglich. Der neue Lift wurde in das Auge der bestehenden Holztreppe eingefügt. Da der Turm unbeheizt ist, muss der Lift unterschiedliche klimatische Bedingungen aushalten können. Damit er die räumliche Wirkung im Turm möglichst wenig beeinträchtigt, ist der Liftschacht aus Glas und die Metallstruktur auf das Minimum reduziert.
